机关党委是学校党委领导下的基层党组织，是联系机关各部门的纽带，主要负责学校党群、行政职能部门及教辅部门的党建工作。2019年3月经机关党员大会选举成立了第一届喀什大学机关党委委员会、机关纪委委员会。机关现有31个部门，设立18个党支部，共有党员446名。     

机关党委在校党委领导下，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，宣传贯彻落实党和国家的路线方针政策及学校党委的决议，全面落实机关管党治党主体责任，以立德树人为根本，围绕学校中心，服务发展大局，统一机关党员和干部职工的思想和行动，按照机关党建工作“走在前、做表率”的要求，以党的政治建设为统领，以提升组织力为重点，以党支部建设为基础，充分发挥各党支部的战斗堡垒作用和党员先锋模范作用，进一步转变机关工作作风，团结和带领机关全体党员和干部职工，以高质量党建促进机关各项事业高质量发展，打造令师生满意的“学习型、创新型、服务型、和谐型、廉洁型”机关，为学校改革发展和疆内一流大学和现代化大学建设提供坚强的政治保证。